故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。 失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。 与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。 现在正是觉醒之时。
电影围绕从昏迷中醒来的徐震（麦亨利饰），发现林依娜（徐冬冬饰）等一行人均被囚禁过相同的铁箱之中展开。众人对于为何被抓至此完全摸不着头脑，带着疑惑的一群人，在面临着各种危机与异兽威胁的荒野丛林中不仅要奋力与效兽作斗争，还要拼命寻求方法离开，在逃生的过程中不断有人丧命于效兽的血盆大口中....
在海洋中央的一个军事哨所服役两年后，四名士兵正在等待新的船员来接替他们。当期待已久的船终于出现时，船上空无一人，没有任何解释。当他们试图查明这艘船和失踪船员的下落时，他们意识到他们已经失去了与家人的所有通信。贝恩斯、沙利文、卡西迪和亨德里克斯与世界其他地方隔绝，没有人来接他们，他们必须与彼此的怀疑作斗争，找到回家的新方法。如果家还存在。
一场致命的迷雾摧毁了大部分人类之后，一个神秘的组织正在努力拯救剩余的人类。
